Великая Отечественная война нарушила грандиозные планы корабелов, изменилась судостроительная программа завода. Предприятие стало кузницей строительства и ремонта надводных кораблей и подводных лодок на Севере страны. Прямо со стапеля самого молодого оборонного предприятия корабли уходили в бой, на защиту морских границ. Коллектив завода в период Великой Отечественной войны состоял из 500 взрослых и 6 тысяч подростков.
Приказом директора завода № 402 с 27 июня 1941 года цехи были переведены на двухсменную работу – каждая по 11 часов. Завод перестраивал свою работу на изготовление продукции для нужд фронта.
Постановлением Государственного Комитета Обороны от 13 августа 1941 года предписывалось строительство больших морских охотников за подводными лодками проекта 122А, которые предназначались для борьбы с вражескими субмаринами на относительно небольшом удалении от баз.